به گزارش پایگاه تخصصی مسجد این اصلاحات در جهت تسهیل فرآیندهای مدیریتی، افزایش کارآمدی و اثربخشی و تسریع در دستیابی به اهداف مصرح در راهبرد«بهبود و تعالی سازمانی» و به‌عنوان زیرساخت و بستر تحقق سایر راهبردها، صورت گرفته است. این اصلاحات زمینه‌ساز فراهم شدن امکان ارائه خدمات مؤثرتر از گذشته به خانه‌های خدا، مردم و کارگزاران مساجد خواهد بود. براساس این تغییرات با حذف معاونت هماهنگی از ساختار ستادی مرکز، مسئولیت ایجاد هماهنگی و پشتیبانی از ارتباطات تخصصی ارکان مرکز، در سطح مدیریت حوزه ریاست و مدیریت روابط عمومی تعریف می‌شود و هم‌چنین با هدف «روان‌سازی» و «کیفی‌سازی» اقدامات و برنامه‌ها در حوزه‌های شناسایی، جذب، آماده‌سازی، استقرار و آموزش که هم‌پوشانی و قرابت قابل توجهی در فرآیندهای مدیریتی دارند و ناظر به مخاطبان مشترک تعریف شده ذیل راهبرد «توانمندسازی ائمه جماعات و سایر کارگزاران مساجد» با ادغام دو وظیفه «جذب» و «آموزش» که تا پیش از این در دو بخش جداگانه دنبال می‌شد «معاونت جذب و آموزش» تأسیس می‌شود.
بنابر این گزارش با توجه به گسترش نیازها و برای روزآمد‌کردن پژوهش‌ها و مطالعات مسجد محور و ضرورت شهدچشی از ظرفیت حوزه‌های علمیه و سایر ظرفیت‌های ارزشمند مستقر در شهر مقدس قم، «دفتر مطالعات، پژوهش‌ها و ارتباطات حوزوی» به طراز یک دفتر تخصصی مستقل ارتقاء یافته و ذیل حوزه ریاست مرکز رسیدگی به امور مساجد فعالیت خواهد کرد. هم‌چنین نظر به نیاز روزافزون مرکز به خدمات تخصصی روابط عمومی، نسبت به استقرار یک مدیریت مستقل در این حوزه اقدام خواهد شد.
تغییر رویکرد «هماهنگی» از سطح اجرایی – عملیاتی به سطح راهبردی و سیاست‌گذاری نیز از طریق استقرار «مشاور عالی رییس» صورت خواهد پذیرفت و دبیرخانه شورای معاونان و شورای مدیران نیز از حوزه ریاست به دفتر طرح و برنامه منتقل خواهد شد.
به گزارش پایگاه تخصصی مسجد حوزه حسابرسی و استقرار نظام مالی مساجد در قالب یک دفتر عملیاتی در طراز مدیریت مستقل ستادی ایجاد فعالیت خواهد کرد و کارگروه نظارت و بازرسی نیز با تأسیس «دفتر بازرسی» در طراز مدیریت مستقل ستادی ارتقاء یافته و با اختیارات کامل، تمام ارکان ستادی و نواحی را تحت پوشش قرار خواهد داد. هم‌چنین اختیارات معاونت هماهنگی در حوزه رسیدگی به اختلافات مساجد به دفتر بازرسی تفویض شده و در مواردی که تشکیل کمیته صیانت از نظر دفتر نظارت و ارزیابی لازم باشد، مدیر دفتر حقوقی و مدیر ناحیه مربوطه به‌عنوان عضو دارای حق رأی و سایر افراد در صورت ضرورت به‌عنوان مشاور یا مطلع، با مسئولیت مدیر دفتر نظارت و ارزیابی تشکیل جلسه خواهند داد.
براساس ساختار جدید مرکز رسیدگی به امور مساج با هدف بهبود توزیع پراکندگی مساجد در گستره جغرافیایی تحت پوشش نواحی و تعدیل بار مدیریتی، پس از تفکیک منطقه 12 تهران از ناحیه شهید محلاتی، هجدهمین ناحیه استان شکل خواهد گرفت. در همین راستا منطقه 3 شهر تهران، پس از انفکاک از ناحیه شهید مطهری، تحت مسئولیت و مدیریت ناحیه شهید باهنر قرار گرفته است.