به گزارش پایگاه تخصصی مسجد، بنا به روایت اسناد تاریخی و شواهد موجود، گنبدی که اکنون بر فراز قبر مطهر حضرت سیدالشهدا (ع) قرار دارد و ستون‌های اطراف ضریح مطهر که گنبد روی آن‌ها واقع شده، در دوران حکومت جلایران و در قرن هشتم هجری ساخته شده است و بیش از ۷۰۰ سال قدمت دارد، هرچند که در دوره‌های بعد تزئینات آن کامل‌تر شده است.
ستاد بازسازی عتبات عالیات پیش‌تر اعلام کرده بود؛ بیش از یک و نیم قرن (سال ۱۲۷۳ شمسی) از آخرین بازسازی این گنبد می‌گذرد و آسیب‌های ناشی از عوامل طبیعی و گلوله باران و به توپ بستن حرم مطهر توسط حکومت دیکتانوری صدام در سال ۱۹۹۱ میلادی (۱۳۷۰ شمسی) به این گنبد وارد شده که بازسازی، تعمیر و ترفیع آن را اجتناب‌ناپذیر کرده است.
گنبد کنونی حرم امام‌حسین (ع)، دومین گنبد این بنا است. گنبد نخست که در عامه به قبه حسینی مشهور است، زیر گنبد دوم محفوظ مانده است. گنبد کنونی حرم از نظر تاریخی و فرهنگی، یک میراث ارزشمند و هنر ایرانی و اسلامی مربوط به عصر صفویه به شمار می‌آید، بر همین اساس طرح ترفیع گنبد جدید به‌گونه‌ای تعریف شده که سازه‌ی قدیمی تخریب نشود و گنبد جدید روی آن نصب خواهد شد. به این ترتیب حرم سیدالشهدا (ع)، تنها حرم اعتاب مقدسه است که همزمان دارای 3 گنبد خواهد بود.